Automatisierung Proteinverdau und MS-Probenvorbereitung

DigestPro Verdauautomat

• Überblick
• Anwendungsbeispiele
• Verbrauchsmaterial

Der enzymatische Proteinverdau und die nachfolgende massenspektrometrische Analyse der Peptide ist eine Routine-Methode in der Protein-Analytik und Proteomik. Mit dem DigestPro-Verdauautomat lassen sich sowohl der gesamte Ablauf eines Verdauprotokolls (in Lösung oder In-Gel) als auch nachfolgende Applikationen zur MS-Probenvorbereitung automatisieren. Dadurch kann ein hoher Durchsatz unter kontrollierten und reproduzierbaren Bedingungen erreicht werden.

Das Gerät lässt sich mit unterschiedlichen Modulen ausstatten und kann so optimal an die individuellen Anforderungen des Benutzers angepasst werden. Es stehen Module zur Auswahl für die Applikationen In-Gel-Verdau, Proteinverdau in Lösung, Probenentsalzung und Aufkonzentrierung an ZipTips^®, AttractSPE^® Tips oder anderen kompatiblen reversed phase tips, MALDI-Target-Spotting sowie den Transfer in Autosampler-Vials. Die intuitiv bedienbare Steuerungssoftware ermöglicht eine einfache Anpassung an individuelle Labor-Protokolle. Das offene System erlaubt den Einsatz von Standard Laborpuffern und verursacht somit geringe laufende Kosten, weil Sie nicht auf die Verwendung von teuren Spezial-Kits beschränkt sind.

Der DigestPro automatisiert alle Schritte beliebiger Verdauprotokolle (In-Gel oder in Lösung):

• Reduktion von Disulfidbrücken bei 60°C
• Alkylierung von Cystein-Resten
• Enzymatischer Verdau (Temperatur frei wählbar bis 70°C)
• Waschung von Gelstücken und Extraktion der Peptide aus der Gelmatrix

Außerdem können verschiedene weitere Applikationen zur nachfolgenden Probenvorbereitung automatisiert werden:

• Aufreinigung (Entsalzung & Konzentrierung) an Millipore^® ZipTips^® oder Affinisep AttractSPE^® Tips
• Einsatz anderer Mikroextraktions-Pipettenspitzen zur Entsalzung, Anreicherung und Affinitäts-Aufreinigung
• Verwendung von StageTips
• Spotten auf MALDI-Targets (für Formate aller Hersteller)
• Sandwich-Methoden-Spotting
• Probenspotten auf Bruker-Anchor Platten

Eigenschaften des DigestPro:

• Modularer Aufbau
• Freie Anpassung der Geräte-Konfiguration an individuelle Anforderungen
• Ein Gerät zur Automatisierung verschiedener Applikationen
• Frei wählbare Temperatureinstellung für jeden Schritt
• Kühloption für eluierte Peptide oder Verdau in Lösung
• Benutzerfreundliche Software zur Anpassung und Optimierung von Protokollen
• Verwendung von Standard-Laborpuffern (niedrige Betriebskosten)
• Kompakte Größe (bench-top)

Wir arbeiten derzeit an der Entwicklung eines Upgrade-Moduls für die Verwendung von Magnetic Beads zur Automatisierung von SP3-Protokollen am DigestPro.

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Der DigestPro wird durch eine anwenderfreundliche Windows-basierte Software gesteuert. Eine grafische Benutzeroberfläche zeigt das Layout der Arbeitsfläche, das Ablauf-Protokoll und andere wichtige Funktionen. Alle wichtigen Steuerungsparameter können angepasst werden und selbst komplexe Methoden lassen sich leicht aus den verfügbaren vorinstallierten Standard-Protokollen generieren. Alle Arbeitsabläufe können in einer Protokolldatei (Log-File) zur Dokumentation und Überprüfung aufgezeichnet und gespeichert werden. Methoden-Protokolle und andere Datensätze können außerdem zur Dokumentation in andere Software exportiert werden.